アドバイスに感謝します！
d._idの部分を修正したところ，すべてのテストにパスすることが出来ました．
こちらの投稿は私もヒットしていたのですが，理解力不足で，自分の問題とは関係ないものと思っていました．
原因
d._idとreq.query._idの型の不一致による，_idを用いたGETリクエストの失敗
d._idはObjectId型，req.query._idは文字列型でした．
そして，FCCによるPUTリクエストのテストでは，PUTリクエスト後，_idを用いたGETリクエストによって_idを取得し，さらなるテストを行っていました（型チェックやupdated_onの更新チェック）．私のローカルでのテストコードではupdate処理を行い，その戻り値のオブジェクトから_idを取得していたため，テストをパスしてしまっており，ここに見落としの原因がありました．
解決策
d._idをd._id.toString()に変更する
d._id.toString()とすることで文字列型同士比較することが可能になり，正しいGETリクエストを実装することが出来ました．